Przez kilka pierwszych lat swojej działalności portugaliści zatrudnieni byli w dwóch zakładach w Instytucie Filologii Romańskiej UJ: Zakładu Iberystyki oraz Zakładu Przekładoznawstwa. Zakład Filologii Portugalskiej i Przekładoznawstwa powstał w styczniu 2009 roku i funkcjonował pod tą nazwą ponad 13 lat. Z dniem 1 sierpnia 2022 roku uległa ona skróceniu i przyjęła brzmienie Zakład Filologii Portugalskiej, co domknęło proces ujednolicania struktury Instytutu Filologii Romańskiej i jej dostosowywania do aktualnej sytuacji kadrowej.
W 2008 roku ekipa portugalistów została uhonorowana tytułem Katedry Instytutu Camõesa, na której patrona wybrano portugalskiego pisarza Vergílio Ferreirę. Jednostka stanowi część elitarnej sieci kilkudziesięciu tego rodzaju placówek istniejących w Europie, obydwu Amerykach, Afryce, Australii i Oceanii. Camões - Instituto da Cooperação e da Língua w Lizbonie wspiera finansowo prowadzone badania naukowe, bibliotekę, ofertę dydaktyczną oraz wydarzenia popularyzatorskie mające na celu promocję kultury krajów portugalskiego obszaru językowego.
Zarówno Zakładem, jak i Katedrą od początku ich istnienia kierował prof. dr hab. Jerzy Brzozowski. Funkcje te objął następnie dr hab. Przemysław Dębowiak, prof. UJ: jako Kierownik Zakładu Filologii Portugalskiej - 1 marca 2021 roku, a jako Kierownik Katedry im. Vergílio Ferreiry - 1 stycznia 2023 roku. Od 1 października 2023 funkcję Kierownika Zakładu Filologii Portugalskiej pełni dr hab. Natalia Czopek.
Oficjalna strona Instytutu Camõesa w Polsce
Oficjalna międzynarodowa strona Instytutu Camõesa